| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 502 | イワタ レンスケ 岩田 蓮亮 (2) | 諫早 | 4:24.38 | |
| 2 | 309 | フジヤマ ノゾム 藤山 希 (2) | 喜々津 | 4:30.47 | |
| 3 | 158 | カワイ シュウユ 川井 秀勇 (2) | 諫早高附属 | 4:36.63 | |
| 4 | 310 | コバヤシ ハルト 小林 陽仁 (2) | 喜々津 | 4:37.45 | |
| 5 | 119 | マツモト イチ 松本 壱 (2) | 小長井 | 4:38.28 | |
| 6 | 120 | マツモト ソウ 松本 双 (2) | 小長井 | 4:41.68 | |
| 7 | 297 | キノシタ ハルト 木下 陽翔 (2) | 西諫早 | 4:44.24 | |
| 8 | 160 | ワタナベ ソウイチロウ 渡邉聡一朗 (2) | 諫早高附属 | 4:48.45 | |
| 9 | 296 | ホリタ ヒロト 堀田 大翔 (2) | 西諫早 | 4:49.33 | |
| 10 | 434 | ハヤシダ コウスケ 林田 煌介 (2) | 有喜 | 4:49.98 | |
| 11 | 461 | ノグチ シンイチロウ 野口慎一郎 (2) | 長崎日大 | 5:01.31 | |
| 12 | 496 | イケダ アオイ 池田 碧泉 (2) | 北諫早 | 5:02.00 | |
| 13 | 161 | キド オトナリ 木戸 乙成 (2) | 諫早高附属 | 5:04.17 | |
| 14 | 291 | モリ イッシン 森 一心 (2) | 西諫早 | 5:04.65 | |
| 15 | 882 | ノグチ ユウシ 野口 侑士 (2) | 諫早高附属 | 5:04.73 | |
| 16 | 188 | タハラ ユウスケ 田原 友輔 (2) | 諫早 | 5:08.16 | |
| 17 | 273 | ヤマダ リュウト 山田 竜登 (2) | 高来 | 5:15.95 | |
| 18 | 313 | タカマ リュウイチ 髙間 龍一 (2) | 喜々津 | 5:19.76 | |
| 19 | 272 | ナカツジ ミキヒト 中辻󠄀 幹人 (2) | 高来 | 5:30.39 | |
| 20 | 3012 | マツオ アユム 松尾 歩夢 (2) | 琴海 | 5:41.12 |