| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 79 | コヤナギ アオシ 小栁 葵獅 (3) | 長崎大附属 | 4:14.35 | |
| 2 | 89 | ドナイ ショウタ 土内 正汰 (3) | 福田 | 4:15.69 | |
| 3 | 705 | タナカ タカヒト 田中 嵩人 (3) | 桜馬場 | 4:30.52 | |
| 4 | 80 | マトノ カンタ 的野 勘汰 (3) | 長崎大附属 | 4:32.37 | |
| 5 | 56 | ミネ リュウト 峯 琉斗 (3) | 東長崎 | 4:36.40 | |
| 6 | 52 | ヤマグチ ヒョウセイ 山口 彪星 (3) | 東長崎 | 4:37.81 | |
| 7 | 78 | イトウ ソウシ 伊藤 颯志 (3) | 長崎大附属 | 4:44.25 | |
| 8 | 53 | コンドウ マサムネ 近藤 潤心 (3) | 東長崎 | 4:45.60 | |
| 9 | 404 | ウチダ リュウシン 内田 琉心 (3) | 長崎東 | 4:54.56 | |
| 10 | 92 | ツジタ ヒロム 辻田 大夢 (3) | 福田 | 4:55.44 | |
| 11 | 90 | コデラ ハヤト 小寺 颯 (3) | 福田 | 4:55.67 | |
| 12 | 212 | モロフジ ヨウタ 諸藤 陽太 (3) | 滑石 | 4:59.80 | |
| 13 | 524 | イガワ ハルキ 井川 陽輝 (3) | 横尾 | 5:13.21 | |
| 14 | 402 | オオヒラ レオ 大平 怜旺 (3) | 長崎東 | 5:16.07 | |
| 15 | 209 | マエオ ユズキ 前尾 柚葵 (3) | 滑石 | 5:17.99 | |
| 16 | 405 | アラキ カンタ 荒木 幹太 (3) | 長崎東 | 5:41.50 |