| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 1010 | イノウエ ミツアキ 井上 光昭 (1) | 小ヶ倉 | 4:51.21 | |
| 2 | 923 | ヒラモト フウガ 平本 楓雅 (1) | 福田 | 4:58.42 | |
| 3 | 1008 | モガリ ソウタ 茂刈 蒼大 (1) | 小ヶ倉 | 5:03.95 | |
| 4 | 926 | ドナイ ヒロト 土内 寛人 (1) | 福田 | 5:06.72 | |
| 5 | 1009 | タクミョウ ソワ 宅明 湊笑 (1) | 小ヶ倉 | 5:06.85 | |
| 6 | 1096 | ヤマグチ ケイタ 山口 慧大 (1) | 戸町 | 5:13.94 | |
| 7 | 924 | アラキ コウスケ 荒木 孝介 (1) | 福田 | 5:22.59 | |
| 8 | 1078 | サカモト ショウマ 坂元 彰真 (1) | 長崎大附属 | 5:24.09 | |
| 9 | 1105 | オノ アキヨシ 小野 明慶 (1) | 橘 | 5:26.89 | |
| 10 | 1126 | ナカムラ ソウスケ 中村 蒼輔 (1) | 東長崎 | 5:29.37 | |
| 11 | 991 | マツオカ ケンゴ 松岡 剣護 (1) | 滑石 | 5:29.79 | |
| 12 | 849 | マキオ カンタ 牧尾 幹太 (1) | 長崎東 | 5:37.53 | |
| 13 | 896 | ウメハラ ジュン 梅原 潤 (1) | 土井首 | 5:38.22 | |
| 14 | 894 | ヤマシタ コウ 山下 航 (1) | 土井首 | 5:38.53 | |
| 15 | 1019 | ウエマチ ミライ 上町 未來 (1) | 桜馬場 | 5:41.86 | |
| 16 | 1113 | マツイ ショウ 松井 翔 (1) | 岩屋 | 5:44.16 | |
| 17 | 1128 | マツモト リュウノスケ 松本龍之介 (1) | 東長崎 | 5:44.28 | |
| 18 | 1057 | アソウ カケル 麻生 翔琉 (1) | 三重 | 5:44.34 | |
| 19 | 850 | ハマダ カイシン 濵田 海眞 (1) | 長崎東 | 5:44.39 | |
| 20 | 1081 | カネコ シュウヤ 金子 修也 (1) | 長崎大附属 | 5:48.63 | |
| 21 | 1024 | ドイ アイト 土井 愛翔 (1) | 桜馬場 | 5:49.54 | |
| 22 | 1082 | ヤマナカ ハルト 山中 陽翔 (1) | 長崎大附属 | 5:50.41 | |
| 23 | 1097 | ヤマグチ リュウセイ 山口 竜世 (1) | 戸町 | 5:51.38 | |
| 24 | 1023 | コオリヤマ ヨシヤ 郡山 徳哉 (1) | 桜馬場 | 5:51.43 | |
| 25 | 953 | カンダ ショウタ 神田 清太 (1) | 長崎 | 5:58.72 | |
| 26 | 893 | カワヤナギ フウスケ 川柳 風介 (1) | 土井首 | 6:00.02 | |
| 27 | 1059 | ハマグチ ハルト 濵口 晴登 (1) | 三重 | 6:10.79 | |
| 28 | 1112 | ヤマグチ ソラ 山口 蒼空 (1) | 岩屋 | 6:10.90 |