| 順位 | No. | 氏名 | 所属 | 記録 | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 216 | キド カイシュウ 木戸 海秀 (2) | 長与第二 | 4:17.29 | NGR |
| 2 | 562 | モリタ ウミ 森田 海 (2) | 福田 | 4:24.07 | |
| 3 | 754 | ヤマシタ シュウヤ 山下 柊哉 (2) | 時津 | 4:29.31 | |
| 4 | 755 | ハマグチ ラク 濵口 楽 (2) | 時津 | 4:37.54 | |
| 5 | 756 | ハマ ハヤト 濵 隼翔 (2) | 時津 | 4:41.66 | |
| 6 | 18 | キヤ カイト 木谷 海仁 (2) | 長崎大附属 | 4:42.08 | |
| 7 | 761 | ハマダ ユウキ 濱田 悠希 (2) | 鳴北 | 4:43.94 | |
| 8 | 538 | アシヅカ ユキト 芦塚 優斗 (2) | 小江原 | 4:48.18 | |
| 9 | 218 | バン ゴウスケ 伴 豪介 (2) | 長崎 | 4:49.14 | |
| 10 | 400 | キタ ヨウスケ 喜多 洋介 (2) | 青雲 | 4:54.62 | |
| 11 | 517 | クボイ アイラ 窪井 逢良 (2) | 東長崎 | 4:58.12 | |
| 12 | 412 | クママル リク 熊丸 理久 (2) | 青雲 | 5:00.48 | |
| 13 | 561 | ミウラ ハヤト 三浦 勇斗 (2) | 福田 | 5:09.72 | |
| 14 | 105 | コダマ ルカ 小玉 琉翔 (2) | 三重 | 5:13.72 | |
| 15 | 1088 | タニヤマ ルウキ 谷山 琉絆 (2) | 小ヶ倉 | 5:16.79 | |
| 16 | 1266 | ヤマシタ ヒサナ 山下 緋真 (2) | 大瀬戸 | 5:25.65 | |
| 17 | 521 | モリ カナト 森 奏人 (2) | 東長崎 | 5:37.57 |